Под алтарной частью Иоанно-Богословского храма находится храм-усыпальница. В ней хранятся останки трех архимандритов: Виталия, Тихона и Зосимы - последних настоятелей монастыря (выглядят как мумии). Здесь же находится могила архимандрита Авеля - наместника обители с первых лет её возрождения. Черепа же принадлежат обычным монахам.
На территории монастыря можно найти и древние саркофаги монастырского кладбища.
